Lý Kỳ giao phó phần lớn các công việc chính sự cho anh trai Lý Việt, người được phong làm Kiến Ninh vương. Ông cũng tin tưởng Cảnh Khiên (景騫), Diêu Hoa (姚華), Điền Bao (田褒), và hoạn quan Hứa Phù (許涪), hiếm khi tham khảo ý các triều thần khác, mặc dù trong số họ không có ai là đặc biệt tài năng hay trung thực. Trật tự hòa bình mà Lý Hùng thiết lập bắt đầu xấu đi.

Năm 335, thúc phụ của Lý Ban là La Diễn (羅演) và viên quan Thượng Quan Đạm (上官澹) lập kế hoạch ám sát Lý Kỳ và đưa con trai của Lý Ban lên kế vị. Âm mưu bị phát giác, Lý Kỳ không chỉ hành quyết La Diễn và Thượng Quan Đạm mà còn giết cả mẹ của Lý Ban là La phu nhân.

Năm 336, Lý Kỳ ghen tị với tài năng của cháu trai là Ngũ Lĩnh công Lý Tái (李載), đã vu cáo Lý Tái tội phản nghịch và giết chết.

Cả Lý Kỳ và Lý Việt đều lo sợ trước người anh em họ của Lý Hùng là Hán vương Lý Thọ, vị tướng được kính trọng nhất Thành Hán. Lý Thọ nhận thức được điều này và sợ rằng mình sẽ là mục tiêu tiếp theo bị giết, và bất cứ khi nào đến kinh thành Thành Đô, ông đều lệnh cho các thuộc hạ báo cáo sai về việc Hậu Triệu hay Đông Tấn xâm lược để có thể nhanh chóng trở về. Năm 338, theo lời khuyên của ẩn sĩ Cung Tráng (龔壯), ông lập kế hoạch tấn công Thành Đô cùng với các quân sư La Hằng (羅恆) và Giải Tư Minh (解思明), với cam kết sau khi thành công, ông sẽ trở thành chư hầu của Đông Tấn. Ông sau đó giả mạo một bức thư từ người anh rể Nhâm Điều (任調) rằng Lý Kỳ có kế hoạch giết chết Lý Thục và ông đưa lá thư cho binh lính của mình. Binh lính tin vào điều này và họ sau đó đã tấn công Thành Đô, bắt Lý Kỳ. Người kế tự của Lý Thục là Lý Thế, một sĩ quan trong đội lính tại kinh thành, đã mở cổng thành và chào đón quân Lý Thọ. Lý Thọ cho bắt Lý Việt và các viên quan mà Lý Kỳ tin cậy và buộc Lý Kỳ phải ban lệnh giết chết họ. Ông sau đó giả mạo một chỉ dụ từ Nhâm Thái hậu để phế truất Lý Kỳ và giáng ông thành Cung Đô huyện công. Lý Thục sau một số do dự về việc lên ngôi hay trở thành chư hầu của Tấn, cuối cùng đã chọn trở thành hoàng đế và đổi tên nước sang Hán, thể hiện sự đoạn tuyệt với chế độ của Lý Hùng.

Lý Kỳ, trầm cảm trước việc chỉ là một huyện công nhỏ bé nên đã tự sát vào năm 338.